Beginnend mit der fünften Klasse wird die IGS nach und nach aufgebaut - bei Bedarf bis zum Abitur. Schüler mit Haupt-, Real- und Gymnasialempfehlung werden gemeinsam unterrichtet, in etlichen Fächern wird es aber nach Leistung differenzierte Kurse geben. Bereits Ende der 90er Jahre hatte es eine Elterninitiative "IGS Zell" gegeben. Die CDU war aber gegen solche Pläne. Sie wollte lieber ein Wirtschaftsgymnasium in Zell installieren. Allerdings hatte der damalige Bildungsminister Zöllner bereits 1998 mitgeteilt, "dass für Zell einzig die Einrichtung einer IGS eine realistische Chance beinhalten würde, eine gymnasiale Oberstufe zu erhalten".