Hierbei liegen unterschiedlichste Mechanismen zu Grunde. Einerseits kommen Faktoren zum Tragen, die mit einer Fehlfunktion des Immunsystems einhergehen, wie etwa bei der Zöliakie und den Lebensmittelallergien, andererseits aber auch Nahrungsmittel-Intoleranzen.
Hierunter fallen die Erkrankungen, die im Zusammenhang mit einem Enzymmangel stehen, wie die Laktoseintoleranz, aber auch so genannte Pseudoallergien, bei denen durch bestimmte Nahrungsmittel selbst und nicht durch das Immunsystem Botenstoffe freigesetzt werden, die allergieähnliche Symptome auslösen, wie etwa Histamine in altem Käse.